الري من أهم مهام العناية بنباتات البونساي. قد يبدو الري بسيطًا، لكن ليس من السهل سقيه بشكل صحيح. يجب أن يتم الري وفقًا لنوع النبات، والتغيرات الموسمية، وفترة النمو، وفترة الإزهار، وفترة الخمول، وظروف الطقس. يُعدّ ضبط وقت الري وكميته أمرًا بالغ الأهمية لنمو النباتات. يرتبط موت بعض نباتات البونساي ارتباطًا مباشرًا بعدم كفاية الري.

بالإضافة إلى توفير الماء والمغذيات للنباتات المزروعة في الأصص، تحافظ تربة الأصص أيضًا على تنفسها الطبيعي للهواء. فعندما تكون رطوبة التربة كافية، تتمدد جزيئاتها، مما يضغط الهواء في الفجوات بينها، مما يُسبب نقصًا في الهواء فيها. أما عندما تكون التربة جافة أو شبه جافة، فتتقلص جزيئاتها، ويصغر حجمها، وتظهر الفجوات بينها مجددًا. ثم تُملأ هذه الفجوات بالهواء.

مع تغير حالة التربة بين الجفاف والرطوبة، يدور الهواء في تربة الأصيص باستمرار، مما يسمح لجذور النبات بالتنفس بشكل طبيعي. بعد كل ري، ستتمكن جذور النبات من تحمل نقص الأكسجين في تربة الأصيص خلال فترة قصيرة. ومع ذلك، إذا كانت تربة الأصيص رطبة جدًا لفترة طويلة، مما يؤدي إلى نقص الأكسجين على المدى الطويل، فسيؤدي ذلك إلى تآكل الجذور وأمراض أخرى. إذا جفت التربة لفترة طويلة، فرغم وجود كمية كافية من الأكسجين فيها، لا تستطيع النباتات امتصاص الماء لفترة طويلة، مما يضر بنموها وقد يؤدي إلى موتها. لذلك، عند ري نباتات البونساي، يجب اتباع مبدأ "لا تسقيها وهي جافة، اسقِها جيدًا".

يؤدي قلة الري وجفاف النباتات إلى ذبول الأغصان وتساقطها، وذبول الأوراق واصفرارها وتساقطها. في حالة الصنوبريات، تصبح الإبر طرية وتفقد ملمسها القوي والشائك. عند نقص الماء الشديد، تتقلص قشرة الأغصان الصغيرة بشكل مفاجئ. إذا واجهت هذه الحالة في الصيف، انقل النبات فورًا إلى مكان مظلل. بعد انخفاض درجة الحرارة، رشّ الأوراق بالماء أولًا، ثم صبّ القليل من الماء في الأصيص، ثم صبّ الماء جيدًا بعد ساعة.

بالنسبة للنباتات التي تعاني من جفاف شديد، تأكد من عدم ريها بشكل كافٍ دفعة واحدة، لأنه عندما يعاني النبات من جفاف شديد، يتقلص قشرة الجذر ويقترب من الخشب. إذا تم توفير كمية كبيرة من الماء فجأة، فسيتمدد نظام الجذر بسبب الامتصاص السريع للماء، مما يتسبب في تمزق القشرة، مما يؤدي إلى موت النبات، لذلك يجب أن تكون هناك عملية تكيف تدريجية. بعد خضوع النباتات التي تعاني من نقص حاد في الماء للمعالجة المذكورة أعلاه، من الأفضل وضعها تحت مظلة لبضعة أيام، ثم زراعتها في الشمس بعد أن تقوى. ومع ذلك، لا تسقِها بشكل مفرط. بالإضافة إلى التسبب في نمو النباتات بشكل حاد، مما يؤثر على شكل الشجرة وقيمتها الزخرفية، يمكن أن يؤدي الري المفرط أيضًا بسهولة إلى تعفن الجذور وموتها. تتطلب أواني البونساي المصغرة تربة أقل، لذلك من المهم بشكل خاص سقيها في الوقت المناسب وبالكمية المناسبة.